Mekanisme penjaminan mutu di MPAP FIA UB dilaksanakan baik secara internal maupun eksternal. Audit internal dilakukan oleh:

  1. Pusat Jaminan Mutu (PJM) di tingkat universitas;
  2. Gugus Jaminan Mutu (GJM) di tingkat fakultas; dan
  3. Unit Penjaminan Mutu (UJM) di tingkat departemen.

Audit eksternal dilakukan oleh Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT) yang merupakan badan akreditasi utama untuk pendidikan tinggi di Indonesia.

Unit Jaminan Mutu (UJM) adalah unit fungsional pelaksana penjaminan mutu penyelenggaraan kegiatan akademik di tingkat jurusan (level jurusan dalam strukturnya membawahi program studi, termasuk di dalamnya MPAP). UJM dipimpin oleh seorang ketua yang berada di bawah struktur organisasi Jurusan Administrasi Publik FIA UB dan bertanggung jawab langsung kepada Ketua Jurusan. Struktur Organisasi UJM Jurusan Administrasi Publik, Fakultas Ilmu Administrasi, Universitas Brawijaya adalah sebagai berikut:

SUSUNAN UJM MAP