Mulai Juli 2013 lalu LKP3 menginisiasi kerjasama dengan Kementerian Pembangunan Daerah Tertinggal (KPDT) Republik Indinesia dalam Program Percepatan Pembangunan Daerah Tertinggal. Dalam hal ini LKP3 menjadi media partner dalam melakukan kajian kepada 69 daerah tertinggal yang diprediksi akan tertentas dari ketertinggalan. Hasil dari kegiatan ini adalah sebuah model kebijakan untuk mengintervensi daerah tertinggal yang akan terentaskan agar tidak kembali lagi tertinggal, serta tersusunnya rencana aksi intervensi kepada daerah yang diperkirakan terentas dari ketertinggalan.